Zekai Tahir Burak Kadın Sağlığı Eğitim ve Araştırma Hastanesi eğitim ve hizmet faaliyetlerini 3 ana branş halinde yürütmektedir:
1. perinatoloji
2. reproduktif endokrinoloji
3. jinekoloji-onkoloji

Her ana branş eğitim ve hizmet faaliyetlerini daha etkin bir şekilde yürütebilmek için kendi içinde alt branşlara ayrılmış bulunmaktadır:
Perinatoloji bölümü kendi içinde:
1. Obstetrik
2. Yüksek riskli gebelikler (servis / yoğun bakım)
3. Antenatal poliklinik

Reproduktif endokrinoloji bölümü kendi içinde:
1. İnfertilite kliniği
    a) IVF/ET
    b) İnfertilite polikliniği
    c) Endoskopik cerrahi

2. Menopoz kliniği
3. Aile planlaması kliniği
4. Adölesan jinekoloji kliniği

Jinekoloji – Onkoloji bölümü kendi içinde:
1. Genel jinekoloji
    a) Poliklinik
    b) Servis
    c) Ameliyathane

2. Onkoloji
3. Pelvik rekonstruktif cerrahi / Ürojinekoloji

Şeklinde ayrılmış durumdadırlar.

Her ana branş bir koordinatör şef tarafından sevk ve idare edilmektedir. Her branşta koordinatör şefe bağlı olarak 1 ile 3 arası klinik şefi, ve 2 ile 5 arası klinik şef yardımcısı çalışmaktadır.

Hastanenin bilimsel alandaki faaliyetleri eğitim plan koordinasyon kurulunca yönetilmektedir.